يعد المكيف بيئة ممتازة لتكاثر البكتيريا، والتي تدخل صالون السيارة مع الهواء وبالتأكيد لا تؤثر إيجابا على صحة الركاب. المعالجة ضد البكتيريا يمكن أن تكون يدوية من خلال فك المكيف بالكامل وتنظيف قطعه ومعالجتها بالكيماويات. التنظيف الكيميائي المضاد للبكتيريا يتم على محرك يعمل وتشغيل نظام التكييف على أقصى سرعة وتشغيل إعادة تدوير الهواء. يتم وضع المادة المنظفة قرب أنبوب سحب الهواء وبخ المحلول. خلال اتنظيف بالأمواج فوق الصوتية يتم وضع جهاز خاص يقوم باستخدام الأمواج فوق الصوتية بتشتيت المنظف إلى بخار ويتشكل "ضباب" من المادة المنظفة. في هذه الحالو أيضا يتم تدوير المحرك وتشغيل المكيف على أقصى استطاعة بوضع إعادة تدوير الهواء.