מערכת המיזוג היא סביבה נוחה למדי בה חיידקים יכולים לצמוח ולהיכנס לתא נוסעים במהלך הפעולה. וזה בהחלט לא בריא לנהג ולנוסעים. הטיפול האנטיבקטריאלי במערכת המיזוג יכול להתבצע באופן ידני. לשם כך יש לפרק את המזגן לחלוטין, לנקותו ולטפל בו בחומרים מיוחדים. ניקוי כימי אנטיבקטריאלי של מערכת מיזוג האוויר ברכב מתבצע כשהמנוע מופעל ועם מערכת מיזוג פועלת בעוצמה מלאה במצב מחזור פנימי. במקרה זה נדרש להציב מיכל עם החומר ליד כונס האוויר ולהתיז אותו אל תוכו. במהלך ניקוי קולי נדרש להציב ציוד בתא הנוסעים ובאמצעות גלי קול לפזר את חומר הניקוי ע''מ ליצור "ערפל" צפוף, בעוד שמערכת המיזוג פועלת בכוח מרבי במצב מחזור.