בהתחשב בתנאי הפעלה של מכונית המודרנית, מערכת המיזוג היא המכשיר הפגיע למדי. התקלה שלו יכולה להתבטא על ידי חוסר תפו שלקה מדחס, הופעת כתמי שמן, התחממות יתר של המנוע, החלקה של המצמד האלקטרומגנטי וחגורת ההנעה, הופעת טיפות מים וריח לא נעים בתא הנוסעים, רעש מוגבר במהלך הפעלה מיזוג האוויר, יעילות נמוכה מהרגיל, הקפאת צינורות המאייד, הצנרת היוצאת והמסנן. בין הגורמים לתקלות נכללים הרכבה לקויה, נזק מכני והשפעה של הסביבה, שימוש לא נכון, אוזלת משאבו וסיבות רבות אחרות. ניתן לתקן או להחליף חלק מהמרכיבים. לפעמים יש צורך להחליף את מערכת המיזוג כולה.